Монастырь Самтавро, находящийся в северной части Мцхеты недалеко от места слияния Арагви и Куры, является одной из древнейших христианских обителей. Доподлинно неизвестно, на каких принципах строилась жизнь первых его насельниц, и можно лишь предполагать, когда именно и как он начинался, однако первая церковь монастыря, дошедшая до нас в почти неизменном виде, на пять столетий древнее крещения Руси. На протяжении веков Самтавро был центром христианской церковной жизни и духовного подвига.
Крещение Грузии и объявление христианства государственной религией связано с проповедью святой равноапостольной Нины. Сведения о её деятельности в Картли (Восточной Грузии) сохранились как в грузинских преданиях и историографии, так и в греческих, латинских, армянских и коптских источниках. Обитель св. Нино группировалась вокруг маленькой церквушки, по преданию построенной на месте ежевичника, в котором подвижница уединялась для молитвы. «Малая» церковь святой Нины (Маквловани) - самый древний храм Мцхеты, построенный в первые годы после крещения Грузии. После преставления св. Нино, вернувшийся из Бодбе равноапостольный царь Мириан пожелал выстроить храм Самтавро: «пошли царь и весь народ, и строили верхнюю церковь из камня и закончили на четвёртом году». Возведение этой церкви следует датировать промежутком между 339 и 351 годами. После царя Мириана, Преображенский храм многократно разрушался и восстанавливался. Обновление храма было при царе Арчиле, Вахтанге Горгасали, во время Католикоса Мелхиседека и других грузинских правителях. Особенно большие работы пришлось проводить после нашествия Тамерлана, когда храм восстанавливали почти целиком, и после землетрясения 1283 года, когда рухнул купол. Храм служил усыпальницей предстоятелей Грузинской Православной Церкви, эта традиция идет от его строителей - сам святой Мириан и святая Нана первыми были похоронены здесь по праву первосвятителей Грузии. Нынешний свой вид монастырь святой Нино Самтавро обрел в XIX веке, когда к нему был приписан Преображенский собор (хотя, по всей видимости, в древности он также относился к обители). В храме Самтавро находится множество святынь: часть животворящего столпа, чудотворная икона Иверской Божьей матери, чудотворная икона св. Нино, пожертвованная из Петербурга грузинским царём Георгием XII своим внукам в 1870 году, могилы св. царей Мириана и Наны, св. мощи св. Абибоса Некресского и св. Шио Мгвимского, часть камня с могилы св. Нино из Бодбе и другие. В XX веке монастырь оставался действующим, жизнь в нем теплилась, сохраняя до поры духовные основы грузинского монашества. С 1994 года памятники Мцхеты находятся в Списке объектов всемирного наследия ЮНЕСКО.